GnuPG使用用户自行生成的非对称密钥对来加密信息，由此产生的公钥可以同其他用户以各种方式交换，如密钥服务器。他们必须小心交换密钥，以防止得到伪造的密钥。
GnuPG还可以向信息添加一个加密的数字签名，这样，收件人可以验证信息完整性和发件人。
GnuPG不利用专利或其他方式限制软件或算法，就像IDEA算法一开始出现在PGP中一样。（可以通过下载相关插件在GnuPG中使用IDEA算法，不过如果在一些IDEA算法为专利的国家中使用，可能需要一份许可）。
GnuPG同样也使用各种其他非专利的算法：
分组密码：CAST5，Camellia，Triple DES，AES，Blowfish，Twofish
非对称加密密码：ElGamal，RSA
加密哈希：RIPEMD-160，MD5，SHA-1，SHA-2，Tiger
数字签名：DSA，RSA
GnuPG是一个混合加密软件程序，它使用常规对称密钥提高加密速度，使用公钥便于交换。通常使用一次性的收件人公钥用以加密会话。