GnuPG最初由Werner Koch开发。1.0.0版于1999年9月7日发布。德国经济与技术部于2000年开始资助此计划并把它移植至Microsoft Windows。
GnuPG是按照OpenPGP标准的软件，因此OpenPGP的历史与GnuPG的关系密切。电子邮件加密协议则由Phil Zimmermann开发。
GnuPG 2.0于2006年11月13日发布，加入了S/MIME-多用途网际邮件扩充协议（Secure Multipurpose Internet Mail Extensions. RFC 2311）。
因为GnuPG 2.0的新的软件架构不支持某些用途，所以1.x与2.0是两个分支版本。