1991年10月，地委、行署向省委、省政府呈报《关于将永州、冷水滩两市合并为永州市的请示》。 1993年5月，地委、行署向省委、省政府写出《关于撤销零陵地区行政公署成立地级永州市的请求》。1995年11月21日，国务院批复湖南省人民政府，同意撤销零陵地区，设立地级永州市；撤销县级永州市、冷水滩市，新设芝山区、冷水滩区。
永州市辖原零陵地区的祁阳、东安、双牌、道县、江永、江华、宁远、新田、蓝山等县和新设立的芝山区、冷水滩区。
1996年3月至5月，中国共产党永州市第一次代表大会、永州市第一届人民代表大会第一次会议、中国人民政治协商会议永州市第一届委员会第一次会议先后召开，标志着撤区建市工作结束。
此前，地委、行署发出《关于地直机关单位搬迁到冷水滩市办公的通知》。通知指出：“根据国务院关于撤销零陵县恢复冷水滩市的批复和省政府办公厅为此发出的通知的精神，地委、行署研究决定，地委、行署和地直机关单位搬迁到冷水滩市办公。”地委、行署成立以冷水滩市为主的城市建设规划指挥部，由冷水滩市负责总体规划的实施，实行“统一规划，分头施工，逐步搬迁”。
从1985年起，地直单位逐步往冷水滩搬迁。1994年10月28日，地委、行署在冷水滩河东的机关新院动工。
1997年9月1日，中共永州市委由芝山区迁至冷水滩区办公，新的市委办公楼正式启用办公；12月11日，永州市人民政府由芝山区迁至冷水滩区办公，新的政府办公楼正式启用。