与其他的大型数据库例如Oracle、IBM DB2、MS SQL等相比，MySQL自有它的不足之处，如规模小、功能有限等，但是这丝毫也没有减少它受欢迎的程度。对于一般的个人用户和中小型企业来说，MySQL提供的功能已经绰绰有余，而且由于MySQL是开放源代码软件，因此可以大大降低总体拥有成本。
目前Internet上流行的网站构架方式是LAMP（Linux Apache MySQL PHP），即是用Linux作为操作系统，Apache作为Web服务器，MySQL作为数据库，PHP（部分网站也使用Perl或Python）作为服务器端脚本解释器。由于这四个软件都是开放源代码软件，因此使用这种方式不用花一分钱就可以创建起一个稳定、免费的网站系统。MySQL加PHP的配对在互联网上的应用相比LAMP来说更为常见，并获得了“动态配对”（Dynamic Duo）的雅号，大部分Blog网站基于的WordPress系统主要运用MySQL加PHP的配对。除了LAMP之外，用于Solaris、Windows和Mac上的网站构架也分别被称为SAMP、WAMP和MAMP。
维基百科所使用的Mediawiki维基引擎采用PHP语言写成，并以MySQL作为其数据库管理系统。