JIRA产品一共有三种版本，分别为：标准版、专业版、企业版。标准版适用于Project Team、专业版适用于部门级别、企业适用于企业级别。
值得一提的是，JIRA的三种版本都不限制项目数，用户数和Issue的数量；并且一年内免费版本更新。
下面是JIRA的三种版本之间的主要区别：
JIRA企业版是为企业级用户设计的，它与标准版，专业版相比，具有以下一些独有的、重要的功能：
1.项目类别管理功能：可以将相关的项目分组管理。
2.组件/模块负责人功能：可以将项目的不同组件/模块指派相应的负责人，来处理所负责的组件的Issues。
3.项目email地址功能：每个项目可以有不同的email（该项目的通知邮件从该地址发出）。
4.LDAP集成：用于将JIRA连接到已有的LDAP目录上。
5.Issue安全级别：在一个项目里可以精确地控制对Issue的访问。
6.无限制的工作流：可以创建多个工作流为不同的项目使用。
7.管理项目角色成员：项目管理人员能够管理所负责项目下的项目角色成员。而在专业版和标准版本中只有JIRA系统管理员能够管理项目角色成员。
8.Issue Type Screen Scheme：可以将Screen Schemes与Issue types、Projects关联起来。
9.Field Configuration Scheme：可以将Field Configurations 与Issue types 、Projects关联起来。
10.Field Screen Tabs：将复杂的Screens分割到多个Tab中。
11.Per Filter column ordering：为每一个过滤器指定列序!
JIRA专业版是为部门级设计的。它不具备JIRA企业版独有的功能，但是它与JIRA标准版相比多出了如下几个方面的功能：
1.子任务功能：可以在某个Issue下创建子任务（企业版也有此功能）；
2.共享过滤器功能：一个团队成员可以访问共享的过滤器（企业版也有此功能）；
3.Multiple dashboards：可以定制自己的JIRA显示面板（企业版也有此功能）；
4.工作流编辑功能：可以对workflow进行编辑，所有项目只能使用同一个workflow（企业版也有此功能）；
5.无限制的CVS repositories（企业版也有此功能）。
JIRA标准版是为工作组级别设计的。它不具备上述的JIRA专业版和企业版的特别功能，具有JIRA的标准功能：
1.Issue Navigator（Issue导航器）
2.Superb issue organisation（可用项目，组件以及版本来组织Issue）
3.The Dashboard（可定制的数字面板）
4.Available workflows（一个固定的工作流）
5.Saved Filters（保存过滤器，在面板上显示）
6.Subscribable Filters（过滤器订阅）
7.Custom Fields（自定义字段）
8.Global & user column ordering（可定制的全局或用户的列显示顺序）
9.Notification Scheme（可配置的邮件通知模型）
10.Permission Schemes（可配置的权限模型）
11.Project Permissions（项目级权限控制）
12.Email（Issue的更新通过email发送到邮箱；通过email提交Issue）
13.RSS（最新的每一个搜索的RSS feed – 在RSS aggregator 中跟踪项目的进展）
14.Microsoft Excel（在Excel中查看Issue数据）
15.Remote APIs（SOAP，XML-RPC编程接口）
16.Install JIRA plugins（可安装JIRA插件）
17.CVS repositories per project（1）
另外，需要说明的是JIRA标准版和JIRA专业版是可以升级的。JIRA标准版可以升级为专业版或企业版；JIRA专业版可以升级至企业版。
不过加上升级的费用，则要比直接购买专业版或企业版要贵出一些。
注意:JIRA 4.0版本之后,已不在按功能区分版本来卖. 而是按照用户数量来卖;所有版本都相当于以前的企业版.