配置工作流之前请先定好Issue有哪些状态，状态的配置见常用配置–Issue Settings部分。
工作流配置从ADMINISTRATION-General Settings-Workflows进入，系统默认有一个叫做jira的工作流，这个工作流是只读的不能修改。
但是可以以此为蓝本来建立工作流，通过Operations中Copy链接即复制了一个一样的工作流。
点击Operations–steps进入步骤的设置，进入的界面如下图所示：
从图中看Open step，Linked Status表示执行完这个step后，issue的状态会变成Open，Transitions表示对于Open状态的issue可以执行的操作，Operations是设置时用到的链接。
下面以几个例子来说明如何配置工作流：
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我们认为Open状态的issue不能有Resolve Issue这个Transition，所以准备把它删除，点击Delete Transitions，之后在多选框中选择Resolve Issue，删除即可。
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对于Open状态的issues，Start Progress这个操作我们想控制它的权限，只有开发人员才能执行这个操作。通过点击Start Progress这个链接进入设置，我们看到在Conditions这个Tab中已经存在一个条件，含义是“只有assignee才能执行这个操作”，这个condition是合理的，保留。
我们通过点击Add链接来增加另外一个condition，之后会得到一个列表来选择condition的类型，开发人员才能执行同Project role比较接近，选择User is in Project Role。
其实选择User is in group 然后配置一个开发人员组也是可以达到同样的效果。
在下一屏中选择Developers这个Project Role，添加完我们可以看到如下图所示的Conditions。
JIRA默认将增加的condition用AND来连接，如果需要也可以将条件用OR来连接。
熟悉以上操作后，通过Add New Step，调整每个step关联的status就可以实现复杂的自定义工作流。
工作流定义好之后，还需要定义workflow scheme，这个工作流才能被项目引用。
通过ADMINISTRATION-Schemes-Workflow Schemes进入配置界面，先增加一个scheme，然后在Operations中的Workflows链接中关联workflow。
JIRA在workflow之外再包装一层scheme的意义在于可以针对不同的issue type使用不同的工作流，如下图。
为了简洁起见，我们一般选择All unassigned Issue Types对应一个工作流。
定义好workflow scheme之后才能被特定的Project所使用，通过ADMINISTRATION—Projects，选择需要配置的Project进行配置，如下图：
在Workflow Scheme中点击Select进行scheme的选择。在Associate的时候会得到一个警告：
针对已经存在issues的project，修改工作流可能会引起状态等信息的丢失，所以最好先做好JIRA数据的备份以免发生意外。
（我修改过1000个issues的project的工作流，JIRA可以很好的处理，不用因为有警告而太紧张，不过事先备份是必须的操作）
另外Project配置界面有很多scheme可配置，方法是类似的，后面不再详细描述。可以配置的scheme包括：
Issue Type Scheme
Notification Scheme
Permission Scheme
Issue Security Scheme
Field Configuration Scheme
Issue Type Screen Scheme
Workflow Scheme