InnoDB的正常工作使用两个重要的基于磁盘的资源：用于存储表内容的表空间，记录事物活动情况的一系列的日志文件。
InnoDB的表空间除了包含数据与索引，也包含了rollback segment。事物中修改的行，undo日志都是存储于rollback segment中的。这些信息用于在事物失败并回滚时。
如果使用单表空间（–innodb-file-per-table），那么在相应数据库目录下都有一个.ibd和.frm文件。其中，.ibd文件是该表自己的表空间，里面存的是该表的内容。（此时，共享表空间仍然需要，因为其中存放的是InnoDB数据目录和rollback segment）
使用–innodb-file-per-table选项，不会对之前已经使用共享表空间的表造成影响。那些使用共享表空间的表仍是可以正常被访问的。
除了表空间文件，InnoDB存储引擎管理着一系列的InnoDB特定的日志文件，并且包含正在进行的事物的相关信息。当客户端进行事物时，其进行的修改操作都会保存在InnoDB日志当中。
最近的日志内容是缓存在内存的。一般情况下，在事物提交的时刻，缓存于内存的日志信息 会被刷新至位于磁盘上的日志文件（log files）。
如果在修改表时MySQL Server发生了崩溃，那么日志文件可以使用日志文件进行自动恢复：当MySQL重启时，它会将记录在日志当中的改变情况反映出来，以确保这些表反映了所有已提交的事物。