有时候合并操作并不会如此顺利。如果在不同的分支中都修改了同一个文件的同一部分，Git 就无法干净地把两者合到一起（译注：逻辑上说，这种问题只能由人来裁决。）。
如果你在解决问题 #53 的过程中修改了 hotfix 中修改的部分，将得到类似下面的结果：
$ git merge iss53
Auto-merging index.html
CONFLICT (content): Merge conflict in index.html
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.
Git 作了合并，但没有提交，它会停下来等你解决冲突。要看看哪些文件在合并时发生冲突，可以用 git status 查阅：
[code]$ git status
On branch master
You have unmerged paths.
(fix conflicts and run “git commit”)
Unmerged paths:
(use “git add …” to mark resolution)
both modified: index.html
no changes added to commit (use “git add” and/or “git commit -a”)[/code]
任何包含未解决冲突的文件都会以未合并（unmerged）的状态列出。Git 会在有冲突的文件里加入标准的冲突解决标记，可以通过它们来手工定位并解决这些冲突。可以看到此文件包含类似下面这样的部分：
[code]<<<<<<< HEAD
可以看到 ======= 隔开的上半部分，是 HEAD（即 master 分支，在运行 merge 命令时所切换到的分支）中的内容，下半部分是在 iss53 分支中的内容。解决冲突的办法无非是二者选其一或者由你亲自整合到一起。比如你可以通过把这段内容替换为下面这样来解决：
[code]
please contact us at [email protected]
这个解决方案各采纳了两个分支中的一部分内容，而且我还删除了 <<<<<<<，======= 和 >>>>>>> 这些行。在解决了所有文件里的所有冲突后，运行 git add 将把它们标记为已解决状态（译注：实际上就是来一次快照保存到暂存区域。）。因为一旦暂存，就表示冲突已经解决。如果你想用一个有图形界面的工具来解决这些问题，不妨运行 git mergetool，它会调用一个可视化的合并工具并引导你解决所有冲突：
[code]$ git mergetool
This message is displayed because ‘merge.tool’ is not configured.
See ‘git mergetool --tool-help’ or ‘git help config’ for more details.
‘git mergetool’ will now attempt to use one of the following tools:
opendiff kdiff3 tkdiff xxdiff meld tortoisemerge gvimdiff diffuse diffmerge ecmerge p4merge araxis bc3 codecompare vimdiff emerge
Merging:
index.html
Normal merge conflict for ‘index.html’:
{local}: modified file
{remote}: modified file
Hit return to start merge resolution tool (opendiff):[/code]
如果不想用默认的合并工具（Git 为我默认选择了 opendiff，因为我在 Mac 上运行了该命令），你可以在上方"merge tool candidates"里找到可用的合并工具列表，输入你想用的工具名。我们将在第七章讨论怎样改变环境中的默认值。
退出合并工具以后，Git 会询问你合并是否成功。如果回答是，它会为你把相关文件暂存起来，以表明状态为已解决。
再运行一次 git status 来确认所有冲突都已解决：
[code]$ git status
On branch master
Changes to be committed:
(use “git reset HEAD …” to unstage)
modified: index.html[/code]
如果觉得满意了，并且确认所有冲突都已解决，也就是进入了暂存区，就可以用 git commit 来完成这次合并提交。提交的记录差不多是这样：
[code]Merge branch ‘iss53’
Conflicts:
index.html
It looks like you may be committing a merge.
If this is not correct, please remove the file
.git/MERGE_HEAD
and try again.
#[/code]
如果想给将来看这次合并的人一些方便，可以修改该信息，提供更多合并细节。比如你都作了哪些改动，以及这么做的原因。有时候裁决冲突的理由并不直接或明显，有必要略加注解。
REF:http://cwiki.ossez.com/pages/viewpage.action?pageId=7045490